ドキュメントに紐付けたプロジェクトを解除することはできますか？

可能です。

プロジェクト選択を解除したいドキュメントを選択して、「プロジェクトを編集」アイコンをクリックすると、現在紐付いているプロジェクトを確認することができます。
１つ以上のプロジェクトが紐付いている場合は、「削除」ボタンが有効になりますので、クリックすると、プロジェクトの紐付けが解除となります。

なお、上記の操作はサイドバーの「ドキュメント」と「プロジェクトボード」どちらからでも可能です。